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四维旋转仪对茉莉酸代谢基因优化!!

返回列表 来源:未知 发布日期:2021-04-12 08:49【

    百香果低温胁迫下 JA 代谢途径在其中的响应方式鲜见报道。因此,本研究以 紫果百香果为材料,开展百香果低温胁迫转录组研究, 并从中挖掘 JA 代谢途径相关的差异表达基因,以期为 进一步研究百香果抗寒机制提供科学参考。Eppendorf 高速冷冻离心机,德国 Eppendorf 公司; 2720 PCR 仪,美 国 Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩涡震荡器,北京中西远大科技有限公 司; BE-1100 四维旋转仪,海门市其林贝尔仪器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量测序仪,美国 Illumina 公司; Eppendorf Realplex4 荧光定量 PCR 仪, 德国 Eppendorf 公司。Eppendorf 高速冷冻离心机,德国 Eppendorf 公司; 2720 PCR 仪,美 国 Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩涡震荡器,北京中西远大科技有限公 司; BE-1100 四维旋转仪,海门市其林贝尔仪器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量测序仪,美国 Illumina 公司; Eppendorf Realplex4 荧光定量 PCR 仪, 德国 Eppendorf 公司。

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    基于 DEGs 分析结果,不同处理和生物重复间百香 果转录组相关性分析结果,CK 的 3 个生 物重复样品与 LT 的 3 个生物重复样品均分别聚为一 类,不同处理间转录组的相似系数介于 0. 573 ~ 0. 761, 说明转录组差异基因筛选结果较为可靠。进一步筛选, 低温胁迫处理后获得百香果 5 311 个 DEGs, 其中 LT 相 对 于 CK 上调表达基因 数量为 2 533 ( 47. 69%) ,下调表达基因数量为 2 778( 52. 31%) 。高通量转录组测序是植物差异表达基因挖掘、代 谢调控网络构建和生物学机理研究的重要手段。本研 究中,百香果转录组各样品的 Q20 的碱基百分比均大 于 98%,且 Q30 的碱基百分比均大于 94%,GC 含 量介于 45% ~46%之间,Unigene 的 N50 值大于长 度平均值,此外 qRT-PCR 验证的基因表达趋势基本与 转录组 FPKM 值预测基本一致。因此,所获得的转录 组数据结果较好,能够满足后续分析要求。